„AEON” to uniwersalna opowieść o ewoluujących, samoreplikujących się bytach z różnych planet, które łączą się i rosną w ekstremalnym tempie. W poszukiwaniu nowych źródeł energii, są zdolne do konsumowania innych gwiazd. Tym samym anime stawia pytania o naturę ewolucji i granice kosmicznej ekspansji.