„AIKa R-16: Virgin Mission” to historia Aiki, mądrej i sportowej uczennicy liceum. Pomimo swojego młodego wieku, Aika jest na tyle zdolna, że zdaje test na licencję zbieracza wraków, zdobywając licencję klasy C. Jednak jej porywczy charakter sprawia, że nikt nie chce jej zatrudniać. Aika postanawia zareklamować swoje usługi w szkole, a jej oferta przyciąga uwagę Eriki, córki z bogatej rodziny oraz liderki klubu poszukiwaczy skarbów. Erika prosi Aikę o odzyskanie czegoś z morza, co z radością akceptuje. Jednak Aika szybko odkrywa, że zlecenie nie jest takie proste, jak się wydawało.