„Akai Hayate” to historia o Japonii, która jest sekretnie kontrolowana przez tyranię grupę ninja – Shinogara. Ich najlepszy zabójca, Hayate Kanuma, jest synem lidera Shinogara, jednak sprzeciwia się ich kontroli nad krajem. Ryzykując własne bezpieczeństwo, Hayate zabija swojego ojca. Trafiony śmiertelnym ciosem, udaje mu się przenieść swoją duszę do ciała swojej siostry, Shiori. Shiori budzi Hayate’a i korzysta z jego zdolności ninja, gdy Shinogara są blisko, ale kosztuje to utratę jej prawdziwego ja. Jak Hayate pokona Shinogara, nie tracąc przy tym siostry?