„Ao no 6-gou” to fascynująca historia o znanym i szanowanym naukowcu Zorndyce, który stworzył nowy gatunek żywych stworzeń. Te istoty, które żyją i rosną w oceanach, mają na celu zniszczenie ludzkości. Zorndyke uważa, że nadszedł czas, aby ludzie przestali rządzić ziemią. Teraz wszystko zależy od Niebieskiego Okrętu Podwodnego Nr 6 i reszty Niebieskiej Floty. Ich misją jest powstrzymanie szaleństwa i stworzeń Zorndyce.