„Appleseed XIII” to anime, które przenosi nas do miasta Olympus, ostatniego bastionu po ogromnym zniszczeniu spowodowanym przez niszczycielską wojnę. Żeby chronić miasto przed grupą terrorystów znaną jako Argonauts, były członek SWAT z LAPD, Deunan Knotts, dowodzi specjalnymi siłami wojskowymi składającymi się z Biroids (klonowanych ludzi) i jej cyborgiem partnerem Brialeos. W obliczu trudności, powracającego lidera Argonauts, którego uważano za zmarłego, Knotts musi za wszelką cenę chronić miasto.