„Appleseed XIII Remix Movie 2: Yogen” przenosi nas w rzeczywistość po globalnej, nienuklearnej wojnie. Miasto Olympus, teraz centrum kontroli świata, jest sterowane przez Bioroids (sklonowanych ludzi stworzonych z najlepszego DNA) i bronione przed terrorystami przez specjalne siły militarnie. Wśród nich są była członkini SWAT z LAPD, Deunan Knute, oraz jej wielofunkcyjny partner cyborg, Briareos. Muszą oni stawić czoła wyzwaniu ze strony Frontu Wyzwolenia Ludzi i jego terrorystycznego podziemia – Argonautów. Na czele tej grupy stoi Al Ceides, który rzekomo zginął 20 lat temu podczas ataku na Posejdon, ale teraz jego cień pojawia się ponownie.