„Ark IX” to świat podzielony na dwie części przez gigantyczny mur mający na celu powstrzymanie epidemii „Ciemnej mgły”. W celu zapewnienia schronienia uciekinierom, stworzono sztuczne miasta zwane „Arkami”. Shido Enishi to prywatny detektyw, działający w dziewiątej Arce. Pewnego dnia zostaje poproszony o schwytanie włamywacza. To na pozór proste zlecenie prowadzi go do wielkiego spisku.