„Ayaka” to historia o Yanagi Yukito, który powraca do miejsca swoich narodzin – wysp Ayaka – dziesięć lat po ich niemalże całkowitym zniszczeniu przez wybuch wulkanu. Yukito odosobnił się od innych po niepokojącym incydencie z przeszłości. Na wyspach mieszkańcy muszą zmierzyć się z tajemniczymi stworzeniami – Mitama – które mogą przerodzić się w potworne monstra, karmiące się negatywną energią ludzi. Niespodziewanie, Yukito odkrywa swoje magiczne zdolności na obraz ojca – Ley Mastera – i decyduje się pójść jego śladem, by chronić mieszkańców Ayaki.