„BlazBlue: Alter Memory” to historia rozgrywająca się w grudniu 2199 roku, kiedy ulice są pełne oczekiwań na koniec starego roku i początek nowego. Podczas świątecznych obchodów, pojawiają się informacje o pojawieniu się Ragny the Bloodedge, rebelianta klasy SS z najwyższym dotąd wyznaczonym nagrodą za jego głowę, w 13-tym Hierarchicznym Mieście Kagutsuchi. Ragna, znany również jako „Żniwiarz”, ma na celu zniszczenie systemu kontrolującego świat. Aby zdobyć nagrodę, na Kagutsuchi zbiega się różnorodna grupa bezkonkurencyjnych wojowników.