„Blue Archive The Animation” przedstawia historię tajemniczego miasta-państwa akademickiego Kivotos, gdzie tysiące akademii rywalizuje ze sobą o dominację i wpływy. Po nagłym zniknięciu prezydentki Generalnej Rady Studentów, w mieście narasta chaos, a przestępczość zaczyna wymykać się spod kontroli. Sensei, główny bohater, zostaje wezwany spoza Kivotos, aby objąć kluczową rolę doradcy, pomagając lokalnym studentkom w powstrzymaniu rosnącej fali przemocy i odnalezieniu zaginionej liderki.
W świecie, w którym uczennice bronią się używając zaawansowanego uzbrojenia, Sensei musi nawiązać relacje ze swoimi podopiecznymi, które reprezentują różnorodne gatunki: od humanoidów o zwierzęcych cechach po inteligentne roboty. Każdy ruch to balansowanie między konfliktami akademickimi, dynamicznymi pojedynkami i żartobliwą, luźniejszą atmosferą. Pełna humoru, akcji i elementów strategicznych seria przedstawia ekscytujące losy bohaterów próbujących utrzymać porządek i odkryć tajemnice Kivotos.
