„Blue Gender” to anime z niedalekiej przyszłości, gdzie świat jak go znamy, został kompletnie zniszczony. Ludzkość została zastąpiona na szczycie łańcucha pokarmowego przez Niebieskich – rasę owadopodobnych kosmitów, która skolonizowała Ziemię. Dla ocalenia ludzkości stworzono stację kosmiczną Second Earth, z nadzieją odzyskania Ziemi w przyszłości.
Głównym bohaterem jest Yuji Kaido, który został zamrożony kriogenicznie z powodu choroby zwaną B-Cells. Po przebudzeniu dołącza do grupy żołnierzy, którzy przyszli na Ziemię, aby go uratować. Niestety, nic nie idzie zgodnie z planem podczas ich podróży na Second Earth.
Yuji będzie musiał zmierzyć się z koszmarami krwawej wojny, podczas gdy on i inni żołnierze z Second Earth walczą o przetrwanie. Czy uda im się odzyskać Ziemię nie tracąc przy tym swojej ludzkości?