„Blue Reflection Ray” to historia o emocjach ludzkich, które przyjmują formę kwiatów zwanych „Fragmentami”. Wybrani, którzy posiadają odpowiednio silne Fragmenty, mogą stać się „Reflektorami” – istotami, które za pomocą specjalnych pierścieni mogą połączyć swoje myśli, wspomnienia i emocje z osobami, których uczucia są niestabilne.
Główną bohaterką jest nieśmiała Ruka Hanari, która po przeprowadzce do nowej szkoły staje się posiadaczką tajemniczego niebieskiego pierścienia. Ruka razem z ekstrawertyczną Hiori Hirahara, która również posiada niebieski pierścień, muszą nauczyć się współpracy i wzmocnić swoje siły, by stać się Reflektorami i obronić zarówno siebie, jak i osoby wokół nich przed negatywnymi emocjami.