„Blue Seed 2” to kontynuacja walki starych członków Terrestrial Administration Center (TAC) z potworami. Tym razem, odosobniony naukowiec w San Francisco stworzył nowe stworzenie – Neo-Aragami, bez użycia mocy Susanoo. Gdy potwory zaczynają siać chaos w Kalifornii, jedyną nadzieją na pomoc są bohaterowie z TAC. Czy uda im się przeciwstawić nowemu zagrożeniu?