„Boku wa Imouto ni Koi wo Suru” to opowieść o Yorim i jego siostrze-bliźniaczce Iku. W dzieciństwie byli nieodłączni, jednak ostatnio Yori zaczął zimniej traktować Iku, starając się unikać jej. Powodem jest zakazane uczucie, jakie Yori żywi do Iku, które sprawia, że nie może spać, zwłaszcza że dzielą ten sam pokój. Yori próbował oddalić się od Iku, a nawet zaczął spotykać się z jej najlepszą przyjaciółką. Jednak kiedy Iku zaczęła mówić o chłopaku, Yori nie mógł już dłużej ukrywać swoich uczuć. Pomimo że Iku kocha swojego brata i chce być z nim, Yori pragnie jej jako kochanki, a nie siostry.