„Bomberman B-Daman Bakugaiden” to opowieść o heroicznej walki mieszkańców B-Da City przeciwko złowrogim istotom zwanych Dark B-Da. Setki lat temu Dark B-Da próbowali przejąć kontrolę nad całym Błękitnym Systemem Słonecznym, ale dzięki mądrości i odwadze B-Damanów, udało się im ocalić wszechświat i przywrócić pokój. Jednak w nowych czasach, zagrożenie powraca. Młody B-Daman o imieniu Shirobon, o silnym poczuciu sprawiedliwości, staje się obrońcą B-Da City. Wraz z pomocą swoich przyjaciół, dołączają do bitwy przeciwko Dark B-Da, którzy powrócili, aby zniszczyć ich dom.