„Brain Powerd” to futurystyczna anime, gdzie Ziemia jest zniszczona przez trzęsienia ziemi i zalewana przez morza. W samym centrum tego chaosu znajduje się tajemniczy Orphan, który może być zarówno przyczyną, jak i skutkiem tych kataklizmów. Celem Orphana jest wyniesienie ukrytego na dnie morza statku na powierzchnię, co skończyłoby się dla ludzkości tragicznie. Nawet pomimo tego, iż ma niewielu sojuszników.
Agenci Orphana pilotują tajemnicze mechy o nazwie Grand Cheres i ścigają olbrzymie dyski, które pojawiają się na świecie, powodując wiele zniszczeń. Kiedy Hime, główna bohaterka, niespodziewanie zostaje pilotem Brain Powerd – innego typu Mecha, dołącza do Międzynarodowej Organizacji, której celem jest zatrzymanie Orphana, lub przynajmniej ocalenie ludzkości.