„Cardfight!! Vanguard: Zoku Koukousei-hen” to anime, w którym po zakończeniu turnieju w liceum Vanguard, Kouji Ibuki zaczyna doświadczać nowych koszmarów. Są one spowodowane przez mroczną wieżę znaną jako Sanctuary, której obecność zniekształca bieg historii. Jedyną szansą na uratowanie świata przed tym groźnym fenomenem jest poprawa błędu, którego Kouji dopuścił się w przyszłości. Wraz z Suiko, muszą podróżować przez równoległy świat -if- i obserwować, jak magiczne dziewczyny Emi Sendou i Shuka przyzywają jednostki Vanguard, aby pomóc naprawić historię.