W dalekiej przyszłości ludzkość osiedliła się na planecie Glorie, gdzie powstała rozwinięta cywilizacja chroniona przez elitarną formację wojskową – Armię Krzyża Południa (Southern Cross). Niespodziewanie na planetę przybywa obcy gatunek mistrzów Robotechniki, zwanych Zor, którzy pragną odzyskać swoją dawną ojczyznę. Główna bohaterka, młoda i impulsywna porucznik Jeanne Francaix, dołącza do oddziału kawalerii pancernej Krzyża Południa i szybko poznaje brutalne realia wojny z zaawansowanym technologicznie przeciwnikiem. W miarę, jak konflikt eskaluje, Jeanne i jej oddział stają przed trudnymi wyborami moralnymi, próbując pogodzić obowiązek wobec ludzkości z osobistymi przekonaniami. Choujikuu Kidan Southern Cross to dynamiczna i pełna dramaturgii opowieść utrzymana w klimacie wojny i militarnej akcji, która ukazuje konsekwencje ludzkiego konfliktu oraz skomplikowane relacje między dwiema walczącymi cywilizacjami.
