„Koukaku no Regios” przenosi nas do postapokaliptycznego świata opanowanego przez zmutowane bestie zwane Limbeekoon. Ludzkość jest zmuszona do życia w wielkich mobilnych miastach o nazwie Regios, gdzie uczą się wykorzystywać specjalne bronie nazywane Dite. W Akademickim Mieście Zuellni, Layfon Alseif próbuje zacząć nowe życie i zapomnieć o swojej przeszłości. Jednak jego tajemnicza historia przyciąga uwagę Kariana Lossa, manipulującego prezydenta Rady Uczniowskiej i Niny Antalk, studentki Sztuk Wojskowych, która dostrzega jego niezwykłe zdolności. Czy Layfonowi uda się pogodzić się z przeszłością i odkryć swoje prawdziwe moce?