„Clannad: Mou Hitotsu no Sekai, Tomoyo-hen” to alternatywna rzeczywistość, w której Tomoya Okazaki spotyka się ze swoją młodszą koleżanką, Tomoyo Sakagami. Tomoyo została wybrana na przyszłego przewodniczącego samorządu uczniowskiego, co cieszy Tomoyę. Jednak ze względu na jego reputację szkolnego delikwenta, ich związek jest powszechnie obgadywany, co może zaszkodzić pozycji Tomoyo. Czy Tomoya ulegnie społecznym naciskom, czy miłość okaże się silniejsza niż plotki i opinie innych?