„Cluster Edge” to anime, które przenosi nas do wyjątkowej szkoły – Akademii Cluster Edge. To miejsce, gdzie potomkowie elity kształcą się, przygotowując do zarządzania światem, w którym sztuczni żołnierze i sekty religijne mają kluczowe znaczenie. Wśród nich znajduje się nowy uczeń, Agate Fluorite. Jego beztroski stosunek do życia oraz coś nieuchwytnego sprawiają, że zwraca na siebie uwagę, nawet wśród najbardziej znużonych honorowych studentów, jak Beryl Jasper. Od chwili przybycia do szkoły, Agate staje się centrum serii tajemnic, które sam nie jest w stanie zrozumieć. Okazuje się bowiem, że Agate nie jest zwykłym uczniem, lecz częścią czegoś o wiele większego i niebezpiecznego, co może zniszczyć świat, który stworzył Cluster Edge.