„Corrector Yui” to historia o zwykłej uczennicy imieniem Yui, która żyje w przyszłości, gdzie wszystkie komputery są wspierane przez jeden globalny system o nazwie COMNET. Pewnego dnia, po wypadku w laboratorium komputerowym, Yui spotyka IR, wyglądający jak szop pracz, program komputerowy do korekt, który nakłada na nią misję ratowania COMNET. Musi ona powstrzymać buntowniczą sztuczną inteligencję – program o nazwie Grosser, który chce przejąć kontrolę nad światem. Jej zadaniem jest odnalezienie i zyskanie zaufania siedmiu innych zbuntowanych programów correctorów. Muszą również odnaleźć twórcę COMNET, profesora Inukaiego, który pomoże im na dobre powstrzymać Grossera. Pomimo swojej nieznajomości i niezdarności w obsłudze komputerów, Yui musi stawić czoła wyzwaniu i uratować świat.