„Cosmo Warrior Zero” to kosmiczna opowieść o krwawej wojnie między Ziemią a maszynowymi ludźmi. Głównym bohaterem jest Warrius Zero, którego rodzina zginęła w rękach maszynowych ludzi, ale pomimo to nadal służy w ziemskiej flocie współpracującej teraz z maszynowymi. Jego statek, składający się z ludzi i maszyn, otrzymuje niemal niemożliwe zadanie: pojmać kosmicznego pirata Kapitana Harlocka. Podczas walki z tym zadaniem, na jaw zaczynają wychodzić dowody na to, że pokój między Ziemią i maszynami może nie być tym, na co wygląda…