Anime „Cross Fight B-Daman eS” toczy się w Crest Land, gdzie tajemniczy B-Kryształ zaczyna szaleć. Główny bohater, energetyczny chłopiec Godai Kamon, mieszka na południu Crest Land i uwielbia B-Daman. Ale stracił wszystkie wspomnienia o B-Daman i swojej rodzinie, za wyjątkiem starszej siostry Aony, która mieszka z nim. Pewnego dnia Kamon spotyka Galvana, B-Damana ze swojego lokalnego sklepu B-Junk, i czuje, że jest mu on dziwnie znajomy. Galvan staje się jego partnerem, a Kamon wraca do walk B-Daman.