„Cyborg 009: Call of Justice 1” to historia o Joe Shimamurze i innych cyborgach, którzy mierzą się z Bresudo – grupą osobników obdarzonych supermocami i inteligencją. Bresudo manipulują historią ludzkości od starożytności i rzucają cień na świat, a ich cele pozostają nieznane. Mimo, że niewielu ludzi wierzy w istnienie Bresudo, amerykańska dziennikarka Lucie Davenport wyrusza do Teksasu, aby skontaktować się z pewną rodziną, gdzie spotyka cyborgów. Cyborgi, zwolnione z obowiązku ochrony ludzkości po utworzeniu wojsk strażników ONZ, żyją teraz spokojnie.