Na wyspie Hatsunejima przez cały rok zakwitają kwiaty wiśni, przynosząc mieszkańcom piękne widoki i odrobinę tajemnicy. Akcja „D.C.II: Da Capo II” rozpoczyna się kilkadziesiąt lat po wydarzeniach znanych z pierwszej serii, ukazując życie nowego pokolenia postaci.
Historia koncentruje się wokół głównego bohatera, Yoshiyukiego Sakurai, ucznia akademii należącego do grupy bliskich przyjaciół. Spokojna codzienność Yoshiyukiego ulega stopniowej zmianie, gdy ujawniają się niezwykłe zdolności związane z magią drzemiącą w wyspie. W miarę rozwoju wydarzeń bohaterowie muszą stawić czoła sekretom wyspy, własnym uczuciom oraz skutkom decyzji podjętych w przeszłości.
„D.C.II: Da Capo II” utrzymuje lekki, szkolny i romantyczny klimat, wprowadzając jednocześnie melancholijne oraz dramatyczne wątki, tworzące pełną emocji opowieść o przyjaźni, dorastaniu oraz tajemniczych siłach wpływających na przeznaczenie.
