„D.Gray-man” to mroczna opowieść o Allenie Walkerze, młodym egzorcyście, którego zadaniem jest walka z mechanicznymi bronią – „Akumami”, kreacjami tajemniczego Milenijnego Hrabiego. Akumy wykorzystują dusze zmarłych, które są wiecznie uwięzione. Ocalenie duszy możliwe jest tylko poprzez egzorcyzm przy użyciu specjalnej broni – „Niewinności”. Po trzyletnim szkoleniu pod skrzydłami Generała Crossa, Allen dołącza do Czarnej Organizacji, skupiającej osoby gotowe przeciwstawić się Akumom i Milenijnemu Hrabiego. Wyposażony w „Niewinność” w formie swojego ramienia i przeklęte oko, które pozwala mu widzieć cierpiące dusze w Akumach, Allen i jego towarzysze stają do walki, by powstrzymać Hrabiego, który szykuje plan zagłady świata.