„Dennou Boukenki Webdiver” to futurystyczna opowieść z roku 2100, w którym cały świat jest powiązany siecią komputerową. Dzieci stają się Web Diverami, przenosząc swoją świadomość do danych, i uwielbiają bawić się razem w cyberparku zwanej Wrotami Magii. Kiedy tajemniczy wirus komputerowy zaczyna niszczyć Wrto bram z środka, wybraniec Kaito Yuki, Czwartoklasista i Web Diver, musi stawić czoło zagrożeniu. Jedynym sprzymierzeńcem jest Gladion, jedyny Web Knight, który uniknął „przeprogramowania” przez wirus.