„Divergence Eve 2: Misaki Chronicles” to intrygująca opowieść pełna tajemnic i niewiadomych, w której podrożujący przez kosmos bohaterowie próbują uciec z przestrzennego labiryntu czasu, stworzonego przez tzw. „Projekt Exodus”. Zmagają się z nieskończoną liczbą „Teraz”, które pojawiają się z powodu zmieniających się osi czasu. Misaki, bohaterka, która powinna zniknąć w wyniku incydentu z Projektem Exodus, nieustannie się pojawia, pokazując różne wersje swojego życia. Czy Misaki, Ryer i inni będą w stanie odnaleźć prawdziwe, szczęśliwe zakończenie?