„DNA²” to anime, które zabiera nas w podróż w czasie, ukazując historię Karin – operatora DNA z przyszłości. Jej misją jest zmienić losy historii poprzez powstrzymanie Junta Momonari przed staniem się Mega-Podrywaczem, który ma na swoim koncie stworzenie 100 dzieci, co prowadzi do przeludnienia świata. Problem w tym, że Junta jest uczulony na dziewczyny – do momentu, aż Karin przypadkowo strzela w niego nieodpowiednią kulą modyfikującą DNA. Teraz Junta niekontrolowanie przeistacza się w Mega-Podrywacza. Karin musi jak najszybciej przywrócić normalność i uniknąć nieodwracalnych zmian.