„Shinpi no Sekai El-Hazard” będą traktować o przygodach Makoto Mizuhary, który nieoczekiwanie odkrywa starożytne artefakt, przez co przenosi się w nieznany świat El-Hazard. Kiedy dołączają do niego Jinnai, nauczyciel Fujisawa oraz siostra Jinnai, Nanami, muszą nauczyć się przetrwać w obcym, niesamowitym miejscu. Czeka ich wiele humoru, niebezpieczeństw, a nawet miłości, a tajemnicza kobieta, która czekała na Makoto przez dziesięć tysięcy lat, wydaje się być kluczem do zrozumienia tego świata.