„Element Hunters” to anime, które przenosi nas do 2029 roku, kiedy to ziemskie pierwiastki chemiczne nagle znikają, powodując globalne katastrofy i drastyczne zmniejszenie populacji. Zespoły badań odkrywają, że znikające elementy zostają przeniesione na planetę „Nega Earth” w innym wymiarze. Aby uratować naszą planetę, tworzy się specjalną grupę, znaną jako „Element Hunters”. Zespół ten składa się wyłącznie z osób poniżej 13 roku życia, ponieważ ich młode i elastyczne umysły są niezbędne do dostępu do „Nega Earth”.