W postapokaliptycznej rzeczywistości, ludzkość kryje się w zamkniętych, izolowanych miastach, takich jak Romdo, starając się przetrwać po katastrofie ekologicznej. Mieszkańcy żyją pod ścisłą kontrolą technokratycznej władzy, korzystając z pomocy androidów zwanych AutoReivami. Główna bohaterka, Re-l Mayer, młoda inspektor śledcza, zostaje uwikłana w serię niewyjaśnionych zdarzeń, związanych z agresywnymi zachowaniami androidów oraz tajemniczą istotą określaną jako „Proxy”. Wkrótce Re-l spotyka enigmatycznego Vincenta Lawa, młodego imigranta, skrywającego własne sekrety. Wraz z rozwojem wydarzeń, granice między rzeczywistością a iluzją zaczynają się zacierać, stając się punktem wyjścia do filozoficznych rozważań nad tożsamością, ludzką naturą i sensem istnienia. Ergo Proxy łączy mroczny klimat cyberpunkowy, dystopijny świat przedstawiony oraz złożoną, pełną symboliki narrację, oferując widzowi wciągającą historię pełną tajemnic i refleksji.
