„Koukyoushihen Eureka Seven: New Order” to specjalny odcinek podsumowujący wydarzenia z odcinków 48 i dalszych, ze wcześniej nagranym dźwiękiem. Ten specjalny odcinek prezentuje alternatywne zakończenie, które twórcy Eureka Seven wymyślili. Eureka musi wyruszyć w podróż, aby rozrzucić siedem części swojej duszy po całej ziemi i ją uspokoić. W końcu, Eureka i Renton muszą się rozstać, ale Renton przysięga, że spotkają się ponownie, niezależnie od wszystkiego.
Ten odcinek nie ma nic wspólnego z sequelem „Eureka Seven AO”, gdyż był to prawdziwe zakończenie, które nie zostało użyte w oryginalnym serialu. „Eureka Seven AO” kontynuuje wydarzenia z odcinka 50: Wish Upon a Star.