„Final Fantasy” to anime osadzone w świecie, gdzie kryształy kontrolują naturalne elementy. Dwa stulecia po tym, jak bohater Bartz i jego towarzysze uratowali planetę R przed zagrożeniem ze strony Exdeath, kryształy Ziemi, Ognia i Wody zostają skradzione przez agentów czarodzieja Ra Diavola. Ten ostatni dąży do zdobycia ostatniego kryształu – Wiatru, potrzebnego do przywołania destrukcyjnego boga Deathgyunosa.
Młoda czarodziejka Linaly, będąca bezpośrednim potomkiem Bartz, mieszka ze swoim dziadkiem Hassamem. Otrzymując złowrogą wiadomość o krysztale Wiatru, postanawiają wspólnie udać się do Świątyni Wiatru, gdzie spotykają Prettza – nieco niezdarnego, ale sympatycznego szermierza, który dołącza do nich z własnych, tajemniczych powodów.
Po zranieniu dziadka Linaly przez potwora podczas bitwy, to na niej spoczywa odpowiedzialność za zabezpieczenie kryształu Wiatru, podczas gdy Prettz staje się jej opiekunem w dalszej, niebezpiecznej przygodzie.