Jest rok 2065. Ziemię opanowały tajemnicze widmowe istoty zwane Fantomami, wymuszając krytyczną sytuację, w której ludzkość walczy o przetrwanie w izolowanych osadach chronionych specjalnymi polami siłowymi. W samym środku apokaliptycznych realiów doktor Aki Ross, młoda naukowczyni zdeterminowana do znalezienia alternatywnego rozwiązania konfliktu, poszukuje wskazówek dotyczących ukrytego sekretu, który umożliwiłby przywrócenie równowagi duchowej Ziemi.

W swojej misji wspólnie z odważną grupą wojskowych, doktor Ross musi zmierzyć się nie tylko z niebezpiecznymi Fantomami, ale i sceptycznym dowództwem wojskowym o skrajnie odmiennych poglądach na zakończenie tej wojny. „Final Fantasy: Wojna dusz” łączy elementy science fiction, dramatu i filozoficznej refleksji na temat duszy oraz etyki nauki, stawiając pytania o istotę życia i równowagę między rozwojem technologicznym a duchowym. Czy doktor Aki odnajdzie odpowiedź, zanim będzie za późno?