Dwa lata po uratowaniu świata przed kataklizmem, członkowie działającej na rzecz zmian organizacji Avalanche rozeszli się na własne drogi. Tifa Lockhart otwiera nowy bar, a jej przyjaciel z dzieciństwa, Cloud Strife, zakłada kurierską usługę na motocyklu. Mimo że większość ich dawnych sprzymierzeńców odeszła w cień, Cloud i Tifa żyją w kruchym pokoju wraz z ich dwójką młodych podopiecznych – Marlene i Denzel.
Ich spokojne życie zaczyna się kruszyć, gdy wybuchająca plaga i przytłaczający żal coraz bardziej oddzielają Clouda od jego nowej rodziny. Podczas gdy oddziela się od nich poprzez swoją pracę, Cloud jest atakowany przez trzech postaci o srebrnych włosach i czarnych mundurach, którzy nieodparcie przypominają jego gorycznego rywala, Sephirotha. Walcząc ze swoimi demonami, były najemnik musi stawić czoła zagrożeniu, by chronić swoją rodzinę i powstrzymać powrót Sephirotha na planetę.