Piętnastoletnia Makoto Kowata opuszcza rodzinną Jokohamę, by zamieszkać z krewnymi w zielonym, spokojnym mieście Hirosaki w prefekturze Aomori. Pomimo pozornego normalnego życia licealistki, Makoto jest początkującą czarownicą i musi kontynuować naukę rzemiosła magicznego. Wraz ze swym czarnym kotem Chito oraz kuzynami – nieśmiałym Keiem i jego energiczną młodszą siostrą Chinatsu – Makoto poznaje sekrety codzienności pełnej magii i prostych przyjemności. Flying Witch to pogodna opowieść slice-of-life, przedstawiająca magiczne elementy w spokojnej, prowincjonalnej scenerii japońskiej prowincji. Serial prezentuje subtelny humor, ciepłe relacje rodzinne i przyjaciół oraz ukazuje piękno natury. Historia oczaruje tych, którzy pragną odprężenia i lekkiej atmosfery, pozbawionej dramatycznych konfliktów i pełnej uroczego uroku codzienności.


