„Fumetsu no Anata e Season 2” to kontynuacja historii Fushiego, nieśmiertelnego istoty ukrywającej się na wyspie przed wrogiem zwanym Nokkers. Aby go wyrwać z izolacji, Nokkers zaczynają atakować osady poza zasięgiem Fushiego. Wkrótce Fushi odnajduje grupa Guardianów, której przewodzi Hisame – potomek zmarłego wojownika Hayase.
Zainspirowani obroną wyspy Janada przed Nokkrsami przez Fushiego wiele lat temu, Gardianie zyskali znaczne uznanie. Pomimo początkowej niechęci, Fushi pozwala im towarzyszyć mu do miejsca ostatniego ataku Nokkers. W ich wiosce spotyka wielu cennych sojuszników. Jednak konflikt z Nokkerami prowadzi do kolejnych strat, a Fushi musi odnaleźć wewnętrzną siłę, aby stawić czoła nieuchronnemu smutkowi.