„Futakoi” to historia o młodzieńcu o imieniu Futami Nozomu, który wraca do miasta swojego dzieciństwa, by rozpocząć naukę w liceum i podjąć pracę na pół etatu w lokalnym sanktuarium. Wkrótce Nozomu zostaje wplątany w lokalną legendę o bliźniaczkach zakochanych w tym samym mężczyźnie. Ciekawostką jest fakt, że w tym mieście jest wiele par bliźniaczek…