„Gakuen Handsome The Animation” to romantyczne anime osadzone w liceum Baramon, prywatnej szkole dla najbardziej elitarnej młodzieży w prefekturze. Główny bohater, siedemnastoletni chłopak, przenosi się do tej szkoły i spotyka na swojej drodze różne kluczowe postacie, takie jak buntowniczy nauczyciel, kapitan drużyny piłkarskiej czy dawny przyjaciel, którego nie widział od siedmiu lat. Szkoła daje możliwość nawiązania nowych przyjaźni, uskutecznienia romansów, ale także konfliktów. Życie głównego bohatera na pewno się zmieni.