„Gakusen Toshi Asterisk” to anime osadzone w świecie transformowanym przez katastrofalne zjawisko o nazwie Invertia, które dało początek nowej rasie ludzi o niesamowitych zdolnościach fizycznych – Genestella. Elita Genestella z całego świata jest wybierana do sześciu najlepszych szkół, gdzie biorą udział w rywalizacji zwanej Festas.
Głównym bohaterem jest Ayato Amagiri, stypendysta prestiżowej Akademii Seidoukan, która ostatnio odnotowuje spadek wyników. W wyniku serii zdarzeń Ayato przypadkowo zobaczył popularną Czarownicę Błyszczących Płomieni, Julis-Alexia von Riessfeld, w stanie półrozbioru! Oburzona Julis wyzywa go na pojedynek za naruszenie jej prywatności.
Ayato jasno daje do zrozumienia, że nie jest zainteresowany Festas. Zapisuje się do akademii, aby szukać swojej zaginionej starszej siostry. Ale kiedy wyłania się bardziej perfidny spisek, Ayato dąży do zwycięstwa, otoczony niektórymi z najbardziej utalentowanych Genestella na planecie.