„Gilgamesh” to tajemnicza anime, w której naukowcy z całego świata próbują odnaleźć źródło nieśmiertelności, badać „Bramę Niebios” – labolatorium zamienione w grobowiec mitycznego króla Gilgamesha. Po niespodziewanym ataku terrorystów i wywołanym przez nich wybuchu, zaawansowana cywilizacja informacji legła w gruzach. Po wielu latach od tych wydarzeń, rodzeństwo Tatsuya i Kiyoko Madoka, uciekając przed przestępcami, znalazło się w samym centrum konfliktu pomiędzy dwiema potężnymi, tajemniczymi frakcjami. Walcząc o dobro społeczeństwa, muszą zdecydować, komu mogą zaufać.