„Gin no Guardian” to opowieść o Suigin Riku – licealiście i zapalonem graczem, który uczęszcza do prestiżowej szkoły, Shinryou Private Academy, reserved dla elit i dzieci z bogatych rodzin. Suigin, będąc biednym uczniem, musi pracować dorywczo, aby opłacić czesne. Wszystko się zmienia gdy ratuje swojego kota wpadając do basenu, pomimo braku umiejętności pływania. Dzięki temu poznaje Rei Riku – piękną i popularną córkę dewelopera gier, w którą się zakochuje. Gdy jego ulubiona gra online Dungeon Century ma zostać zamknięta, Suigin dowiaduje się, że Rei to ta sama dziewczyna, z którą przyjaźnił się w grze. Rei daje mu nową grę – Grave Buster i nagle znika. Teraz Suigin musi wkroczyć do świata gry, aby ocalić Rei i odkryć tajemnice ukryte w grze.