„Ginga Tetsudou 999” to futurystyczna opowieść o młodym chłopcu, Tetsurou Hoshino, który pragnie zdobyć nowe, mechaniczne ciało dla siebie, korzystając z kosmicznego pociągu „Galaxy Express 999”. Opowieść nabiera tempa, kiedy Tetsurou spotyka tajemniczą Maetel – kobietę o blond włosach, która do złudzenia przypomina jego matkę. Razem wyruszają w podróż przez wszechświat, która obfituje w niesamowite przygody i niespodziewane zwroty akcji.