„Ginga Tetsudou 999: Hoshizora wa Time Machine” to historia osadzona w XXI wieku na Ziemi, skąd odlatuje Galaktyczny Ekspres 999 do Wielkiej Andromedy. Tetsuro i Maetel, odwiedzający muzeum, spotykają tajemniczą dziewczynę o imieniu Jula, która przepowiada upadek rasy ludzkiej, po czym znika w kosmosie. Tetsuro i Maetel ruszają za nią na pokładzie 999 i odnajdują Julę na asteroidzie Itokawa, która została kiedyś zbadana przez sondę Hayabusa. Jula znów zniknęła w kosmosie, ale jej statek kosmiczny rozbił się na asteroidzie i spadł na Jowisza. Czy Tetsuro zdoła uratować Julę? I co Jula ma na myśli mówiąc o upadku rasy ludzkiej? Ten epicki opis zwiastuje podróż 999 pomiędzy gwiazdami naszego układu słonecznego.