„Giniro no Kami no Agito” to postapokaliptyczna opowieść o młodzieńcu imieniem Agito. Trzysta lat temu, nieudany eksperyment genetyczny przemienił wszystkie lasy na Ziemi we mściwe, świadome istoty. Agito, jego ojciec i społeczność Neutralnego Miasta, próbują utrzymać pokój z sąsiednim lasem. Wszystko zmienia się, gdy Agito odnajduje relikwię przeszłości – dziewczynę śpiącą w tajemniczej maszynie. Kiedy się budzi, okazuje się, że jej przeznaczeniem jest odtworzenie Ziemi. Gdy starcie między ludźmi a lasem staje się nieuniknione, Agito musi spróbować połączyć te dwa światy.