„God Eater Prologue” to opowieść o walce o przetrwanie ludzkości na krawędzi zagłady spowodowanej przez „Aragami”, rasy pożerających wszystko potworów. Ludzie stawiają ostatni opór, broniąc odludnych punktów, używając broni „Oracle Cell” – stworzonych z tej samej materii, co Aragami. W obliczu adaptacji potworów do tych broni, pozostałości rządów decydują o detonacji reaktora jądrowego. Pomagają im w tym misji trzej „God Eaters” z Fenrir Far East Branch, organizacji kontrolującej to, co zostało z Japonii. Ich nowoczesne bronie, nazywane God Arcs, są w stanie przebić skórę Aragami i zniszczyć ich serca, co może być ostatnią nadzieją ludzkości na odparcie zagrożenia.