„Granblue Fantasy The Animation Season 2” to kontynuacja przygód Gran i jego załogi. Uciekając przed Imperium Erste, dostają propozycję negocjacji rozejmu. Spotkanie odbywa się na neutralnym terytorium Cytadeli Albion, gdzie goszczą ich Vira Lillie – obecna Władcza Dowódczyni Albionu, i stara przyjaciółka Kataliny Alize. Mimo oficjalnego ułaskawienia przez Generala Furiasa, napięcie nie opada. Po odkryciu istnienia Bestii Pierwotnej na wyspie i otrzymaniu listu od Kataliny o jej rezygnacji, Gran wyrusza na poszukiwanie byłejs kompanki, podczas gdy Eugen i Rackam zaczynają badać obecność Imperium na wyspie, podejrzewając ukryty, złowieszczy plan.