„Grisaia: Phantom Trigger The Animation” to seria, która kontynuuje po wydarzeniach związanych z Heath Oslo. Amerykańsko-japońska organizacja antyterrorystyczna CIRS stała się oficjalnie znana, a jej najbardziej tajne działania zostały przekazane nowej agencji o nazwie SORD (Social Ops, Research & Development). SORD ma za zadanie szkolenie nowej generacji agentów, którzy będą mogli chronić kraj przed przyszłymi zagrożeniami. W tym celu powołano do życia szereg szkół na terenie całego kraju. Mihama Academy, szkoła, która nagle zamknęła swoje drzwi, teraz odradza się jako jedna z tych specjalistycznych szkół. Obecna Mihama jest domem dla różnorodnej grupy uczniów, którzy codziennie doskonalą swoje niezwykłe umiejętności – czasem w praktyce. Uczennice tej szkoły, mimo ryzyka, są zmuszane do podejmowania niebezpiecznych misji – wszystko dla dobra kraju.